Un empleado te avisa de que se pone de baja médica y, además de organizar el trabajo, te surge la pregunta económica: ¿quién paga esos días, tú o la Seguridad Social? La respuesta no es la misma en todos los tramos de la baja, y muchas pymes se llevan una sorpresa cuando ven la nómina de ese mes. Vamos a ver cómo funciona la incapacidad temporal (IT) de un trabajador por cuenta ajena en 2026: quién paga en cada momento, cuánto se cobra y cómo recupera la empresa el dinero que adelanta.
Si lo que buscas es la baja médica de un autónomo, las reglas son distintas: puedes consultarlas en nuestro artículo sobre la baja médica de autónomos en 2026.
Qué es la incapacidad temporal y qué la causa
La incapacidad temporal es la prestación de la Seguridad Social que sustituye el salario de un trabajador mientras no puede trabajar por motivos de salud. Se reconoce por dos tipos de contingencia, y el tipo determina desde cuándo se cobra y quién paga:
- Contingencias comunes: enfermedad común o accidente no laboral (el que ocurre fuera del trabajo, por ejemplo de camino a casa un fin de semana).
- Contingencias profesionales: accidente de trabajo o enfermedad profesional.
Para tener derecho a la prestación por enfermedad común hace falta acreditar un periodo de carencia de 180 días cotizados en los últimos 5 años. Si la baja es por accidente de trabajo o enfermedad profesional, no se exige ninguna cotización previa: se está cubierto desde el primer día de alta.
Quién paga cada tramo de la baja
Esto es lo que más confunde a las empresas, porque el pagador cambia según el día y la causa:
| Tramo | Causa | Quién paga | % de la base reguladora |
|---|---|---|---|
| Días 1 a 3 | Enfermedad común o accidente no laboral | Nadie (salvo mejora del convenio) | 0 % |
| Días 4 a 15 | Enfermedad común o accidente no laboral | La empresa, en pago delegado | 60 % |
| Días 16 a 20 | Enfermedad común o accidente no laboral | Empresa (pago delegado) o INSS/mutua, según quién gestione la prestación | 60 % |
| Día 21 en adelante | Enfermedad común o accidente no laboral | Empresa (pago delegado) o INSS/mutua | 75 % |
| Día del accidente | Accidente de trabajo o enfermedad profesional | La empresa, salario íntegro (100 %) | 100 % |
| Desde el día siguiente al accidente | Accidente de trabajo o enfermedad profesional | Mutua, normalmente en pago delegado a través de la empresa | 75 % |
El concepto clave es el pago delegado: aunque el dinero de la prestación es de la Seguridad Social (o de la mutua), es la empresa quien lo adelanta al trabajador dentro de su nómina habitual. Después, la empresa se lo descuenta a la Seguridad Social en el siguiente boletín de cotización (RLC), restando ese importe de las cuotas que le toca ingresar ese mes. No es un coste que la empresa asuma a fondo perdido: es un anticipo que se compensa.
A partir del día 365 (con las posibles prórrogas), el pago deja de ser delegado por la empresa: el INSS abona la prestación directamente al trabajador hasta que se le da el alta médica o se resuelve un expediente de incapacidad permanente.
Cómo se calcula la base reguladora
La base reguladora es, en el caso general, el resultado de dividir la base de cotización por contingencias comunes entre el número de días del periodo de referencia. Para un trabajador con salario mensual estable, equivale a dividir su base de cotización del mes entre 30.
Una novedad que muchas gestorías todavía están integrando: desde el 1 de abril de 2025, tras la reforma del RDL 11/2024, el cálculo ya no toma solo el mes anterior a la baja, sino la media de las bases de cotización de los tres meses inmediatamente anteriores. Para un salario fijo mes a mes el resultado prácticico no cambia, pero si el trabajador cobra horas extra, comisiones o pluses variables, la base reguladora de 2026 puede salir distinta de la de años anteriores, porque ya no depende de un único mes que podía ser atípico.
Un ejemplo con números
Un trabajador con una base de cotización por contingencias comunes de 1.800 €/mes se pone de baja por enfermedad común durante 20 días naturales.
Base reguladora diaria = 1.800 € ÷ 30 = 60,00 €/día
Días 1 a 3: no se cobra (3 días)
Días 4 a 20: 60,00 € × 60 % = 36,00 €/día → 17 días = 612,00 €La empresa adelanta esos 612 € en la nómina de ese mes mediante pago delegado y, en el siguiente boletín de cotización, se los descuenta de las cuotas a la Seguridad Social que le corresponde ingresar. El coste financiero real para la empresa no son los 612 €, sino solo el adelanto de tesorería hasta que llega la compensación.
Si la baja hubiera sido por un accidente de trabajo, el trabajador habría cobrado el 100 % del salario el día del accidente y, desde el día siguiente, el 75 % de la base reguladora (45,00 €/día en este ejemplo) a cargo de la mutua.
Errores frecuentes al gestionar una baja médica
- Pensar que la empresa pierde ese dinero. El pago delegado se compensa en las cuotas de la Seguridad Social; el error contable habitual es no reflejarlo así y contarlo como un gasto puro.
- Aplicar el 75 % desde el primer día en enfermedad común. Ese porcentaje solo se aplica a partir del día 21; antes es el 60 %, y los tres primeros días no generan prestación salvo mejora de convenio.
- Olvidar que el subsidio tributa en el IRPF. La prestación por IT es un rendimiento del trabajo sujeto a retención, igual que el resto de la nómina; no está exenta como sí lo está la incapacidad permanente absoluta o la gran invalidez.
- No pedir el parte de baja al trabajador. Desde 2023, el INSS remite el parte médico directamente a la Tesorería General de la Seguridad Social por vía telemática; el trabajador ya no tiene que entregar copia en papel en la empresa, salvo fallo del sistema.
- Confundir la baja médica con la excedencia o el cese de actividad. La IT es una suspensión temporal del contrato con reserva del puesto; nada que ver con una excedencia voluntaria ni con el cierre de un negocio.
Preguntas frecuentes
¿Cuenta la baja médica para las vacaciones y la antigüedad? Sí. La incapacidad temporal es un periodo asimilado al alta: el contrato queda suspendido, pero sigue generando antigüedad y devengo de vacaciones con normalidad.
¿Puede la empresa despedir a un trabajador de baja? Sí, la ley no lo prohíbe con carácter general, aunque el despido debe tener una causa real y ajena a la baja para no considerarse discriminatorio. Si se produce, se liquida como cualquier otro cese, con su correspondiente finiquito.
¿Cuánto tarda la empresa en recuperar el dinero del pago delegado? Normalmente se compensa en el mismo mes o el siguiente, al presentar el boletín de cotización: el importe abonado al trabajador se resta directamente de las cuotas a ingresar.
Cómo lo gestiona VERIX
Calcular manualmente cuánto corresponde pagar en cada tramo de una baja —y no olvidar compensarlo luego en las cuotas de la Seguridad Social— es uno de esos detalles de nómina que consumen tiempo de gestoría cada mes. El agente RRHH de ARIA, dentro de VERIX, aplica automáticamente los tramos y porcentajes vigentes en 2026, calcula el pago delegado y lo deja reflejado en la nómina y en la cotización, sin hojas de cálculo aparte.
Puedes hacer una primera estimación del coste de tu plantilla, con o sin bajas, en la calculadora de coste de empleado. Y si quieres que tu gestión de nóminas incorpore estos cálculos de forma automática, prueba VERIX gratis.
Este artículo tiene carácter informativo y orientativo. Los importes y plazos reales dependen del convenio colectivo, la mutua y la situación concreta de cada trabajador, y no constituyen asesoramiento fiscal ni laboral.